Filho de Baptista Júnior é contratado pela AEL Sistemas (Elbit/Embraer) enquanto o pai presidia a comissão que definiu o caça Gripen

Em 2011-2012, enquanto o então coronel/brigadeiro Carlos de Almeida Baptista Júnior presidia a Comissão Coordenadora do Programa Aeronave de Combate (COPAC) — responsável pela condução do processo que selecionou o caça Saab Gripen NG —, seu filho Bruno Baptista foi contratado como analista pela AEL Sistemas, empresa brasileira de defesa subsidiária da israelense Elbit Systems (com 25% do capital detido pela divisão de defesa da Embraer), fornecedora de aviônicos para o próprio programa Gripen (sistema WAD) e do datalink Link-BR2 usado pelas três Forças. Um Inquérito Civil do Ministério Público Federal (nº 1.16.000.004707/2014-83) apurou irregularidades na aquisição dos caças e listou nominalmente três contratados da AEL com vínculo familiar direto com militares da cúpula da Aeronáutica, entre eles Bruno Baptista — o inquérito foi arquivado em 2015 (Promoção de Arquivamento nº 865/2015) sem apontar irregularidade formal comprovada. Bruno Baptista permaneceu na empresa: promovido a especialista em abril/2022 e a Gerente de Relações Institucionais em agosto/2024 — período que inclui o comando de seu pai à frente da FAB (2021-2023).